染色質(zhì)免疫共沉淀

染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與新一代測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。

一、ChIP實驗操作流程

1.樣品準備與交聯(lián)

細胞收集后，用1%的formaldehyde處理細胞，交聯(lián)核酸與DNA結(jié)合蛋白；

2.超聲打斷染色質(zhì)

裂解細胞，用超聲波將染色質(zhì)超聲破碎成200－1000bp片斷；將片段分為兩份，一份用于免疫共沉淀，一份用于對照。

   圖1染色質(zhì)免疫共沉淀實驗流程                                              圖2　超聲破碎后DNA電泳圖（lane2）

3.免疫共沉淀(IP)

取B步驟所得一份片斷與ChIP特異抗體結(jié)合進行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗體復合物。

4.解交聯(lián)及純化DNA

將富集的DNA/蛋白復合物解交聯(lián)釋放DNA片段，并進行純化（IP DNA）；B步驟所得用于對照（Input DNA）的片斷作不進行IP實驗，但也要解交聯(lián)并純化。

5.DNA段PCR擴增

針對ChIP DNA, Input DNA及對照DNA的目的片段設(shè)計特異性引物并進行熒光定量PCR擴增。

6.結(jié)果分析

%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%

Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]

應(yīng)用領(lǐng)域：

?  判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型

?  精確定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點

?  組蛋白共價修飾與基因表達的關(guān)系的研究

?  轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點和功能研究

產(chǎn)品優(yōu)勢：

?  檢測覆蓋范圍廣：全基因組范圍內(nèi)掃描目標區(qū)域；

?  檢測分辨率高：更利于精確定位目標區(qū)域；

?  樣本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；

?  可靠性好：避免了非特異性雜交，背景低；

?  性價比高：花費較少即可檢測全基因組，獲取準確豐富的信息。